醫療生技產業記帳、研發認列、投資抵減與募資實務：從財務制度到資金策略一次搞懂

醫療生技產業與一般買賣業最大的不同，在於公司往往在「尚未有穩定營收」之前，就已經投入大量研發、人員、試驗、法規認證、設備與專利成本。

新藥、醫材、精準醫療、數位醫療或生技平台，從概念驗證到取得許可，可能歷經數年；公司在這段期間可能持續虧損，卻又同時面臨增資、募資、政府補助、研發投資抵減與投資人 DD 等需求。

因此，醫療生技產業記帳不能只停留在「每兩個月申報營業稅、年底做營所稅」的層次，真正重要的是：

• 每一筆研發支出能否追溯到專案？
• 研究階段與發展階段是否有清楚界線？
• 政府補助與公司自有資金是否分開？
• 設備、耗材、委外試驗、CRO／CDMO 費用如何歸屬？
• 財務報表能不能讓投資人看懂公司的燒錢速度、研發里程碑與下一輪資金需求？

這些問題都會直接影響稅務風險、租稅優惠、公司的估值以及投資人的信任。

⭐ 醫療生技產業記帳，為什麼一定要「專案化」？

📌 一般記帳方式為什麼不夠用？

一般中小企業記帳常依發票日期、費用科目與付款方式入帳，但醫療生技公司若只做到這一步，往往不足以支撐研發投抵、政府補助核銷或募資查核。

較好的做法，是從公司成立初期就建立「會計科目＋研發專案＋部門／成本中心」三層架構：

1. 會計科目：依支出性質正確歸屬營業成本與營業費用
2. 研發專案：同一筆試劑耗材，要能辨認是 A 新藥、B 醫材還是 C 數位醫療專案
3. 部門／成本中心：同一位研發人員若同時參與多個計畫，應建立工時或合理分攤基礎

📌 實務上至少應分清楚的五類支出

支出類別	常見項目	帳務重點
直接研發支出	研發人員薪資、試劑、耗材、動物試驗、臨床前與臨床試驗、委外測試	須可追溯至專案
研發設備與儀器	實驗儀器、分析設備	列固定資產並提折舊，非當期全額費用化
無形資產或使用權	專利、技術授權、軟體與資料庫	認列與攤銷須依準則判斷
法規與品質支出	查驗登記、法規顧問、品質系統	與研發支出分開歸屬
營運支出	行政、業務、募資與市場開發費用	不得混入研發科目

這些費用如果全部混在同一個「研究費」科目，未來不論申請租稅優惠、補助或投資人DD，都很容易重新整理到非常辛苦。

📌 國稅局在意的重點

國稅局近年持續提醒企業：「營業成本與營業費用必須依支出性質正確歸屬，且應妥善保存原始憑證、成本帳簿與可勾稽資料。」

對生技公司而言，研發紀錄、領料紀錄、合約、驗收、工時、試驗報告及付款證明，就是證明「這筆錢確實用於研發」的重要鏈條。

延伸閱讀：公司被國稅局查帳怎麼辦？5 步驟教你快速應對，免緊張！

⭐ 研發費用怎麼認列？「研究階段」與「發展階段」是關鍵

📌 研發支出可以全部列成資產嗎？

很多生技新創會問：「公司投入了幾千萬元研發，能不能全部列成資產，讓財報不要虧那麼多？」

答案不是由公司自行選擇。依企業會計準則對內部產生無形資產的原則：

階段	會計處理原則
研究階段	支出原則上於發生時認列為費用
發展階段	同時符合特定條件時，才可能認列為無形資產
兩階段無法可靠區分	通常視為研究階段，全數費用化

📌 發展支出資本化的 6 項核心條件

1. 技術上已具完成可行性
2. 公司有完成並使用或出售該成果的意圖
3. 有能力使用或出售
4. 未來經濟效益具有高度可能性
5. 公司有足夠技術、財務與其他資源完成計畫
6. 相關支出可以可靠衡量

對新藥或醫療器材而言，研發失敗風險高、法規核准不確定性高，因此「何時跨過研究階段進入符合資本化條件的發展階段」必須有具體證據，不能只因為管理階層認為產品有潛力就將費用遞延。

📌 會計費用化 ≠ 稅務不能投抵

這也衍生一個重要觀念：

• 會計上費用化，不代表稅法上不能申請研發投資抵減
• 會計上認列為無形資產，也不代表所有金額都當然符合投抵範圍

財務會計是為了正確表達資產與損益，租稅優惠則是依特定法規審查「哪些研發活動、哪些支出項目、哪些程序」可以抵減，兩者必須分開管理、最後再做勾稽。

⭐ 研發投資抵減怎麼選？一般產創條例 vs 生技醫藥專屬優惠

📌 兩套制度的差異

項目	產業創新條例第 10 條	生技醫藥產業發展條例
適用對象	一般符合規定之公司	經主管機關審定之生技醫藥公司
抵減率	15%（當年度）或 10%（三年內）	25%
抵減年限	當年度或三年內	自有應納營所稅年度起五年內
抵減上限	受當年度應納營所稅一定比例限制	原則上不得超過當年度應納營所稅 50%，最後年度另有例外

📌 一般公司：產創條例第 10 條

符合《產業創新條例》第 10 條規定的研究發展支出，可在法定範圍內選擇：

• 以研發支出 15% 抵減當年度營利事業所得稅
• 以 10% 自當年度起三年內抵減各年度應納營利事業所得稅

每年度抵減仍受當年度應納營所稅一定比例上限限制，對一般科技、醫療服務或尚未取得生技醫藥公司審定資格的企業而言，這是常見的研發投抵制度。

📌 生技醫藥公司：25% 專屬優惠

如果公司符合《生技醫藥產業發展條例》所定範圍，並經主管機關審定為生技醫藥公司，對符合規定的研究與發展支出，可按支出金額 25% 計算投資抵減，自有應納營利事業所得稅的年度起五年內抵減。

📌 資格審定的常見誤解

要特別注意，生技醫藥公司不是公司名稱有「生技」「醫療」就自動適用，而是要符合下列範圍並依法完成主管機關審定：

• 新藥、新劑型製劑
• 高風險醫療器材
• 再生醫療、精準醫療、數位醫療
• 創新技術平台
• 其他法定策略生技醫藥產品

公司若打算以生技租稅優惠作為財務規劃的一部分，應在研發與增資前就確認資格，而不是報稅時才回頭補資料。

延伸閱讀：【產業創新條例懶人包】中小企業節稅秘訣與申請 4 步驟實戰教學

⭐ 哪些研發支出最容易被剔除？4 個實務地雷要避開

地雷	常見情況	正確做法
有科目、沒證據	薪資全列研發費卻無工時與成果紀錄	建立職務說明、工時與研發計畫
補助款沒扣除	政府補助部分重複列入投抵基礎	投抵基礎先扣除補助款
漏掉專案認定	軟體、資料庫只在申報時填金額	期限內向主管機關申請專案認定
優惠重複適用	同一筆支出疊加不同投抵	依資格與抵減上限擇一最適制度

📌 地雷 1：有研發費用科目，不等於有研發證據

• 司把工程師、研究員薪資全部列研發費，但無職務說明、工時、研發計畫或成果紀錄
• 耗材雖有發票，卻無領料紀錄，無法證明使用在哪一個研發專案

以上這兩種情況都會降低投資抵減被認可的機會。

📌 地雷 2：政府補助沒有扣除

企業取得國科會、經濟部或其他政府研發補助時，申請研發投資抵減時，政府已負擔的部分原則上不能再當作公司自行負擔的研發支出重複享有抵減。

近期國稅局即再次提醒，生技公司若申報研發支出 1,000 萬元，但其中 200 萬元由政府補助，投抵基礎原則上應先扣除補助款。

📌 地雷 3：軟體、資料庫漏掉專案認定程序

AI 醫療、數位醫療、基因資料分析、生物資訊平台常會購買昂貴軟體、資料庫或專用系統，部分項目申請一般研發投抵時，須在規定期限內向中央目的事業主管機關申請專案認定，若只在營所稅申報時填金額，可能因程序不符而被剔除。

📌 地雷 4：同一筆支出重複享受不同租稅優惠

生技醫藥專屬研發投抵與其他法律的研發投抵並非可以任意疊加。公司應依資格、未來獲利狀況、可抵減年限及抵減上限進行比較，再選擇最適制度。

稅務規劃的重點不是追求名目抵減率最高，而是判斷公司未來是否有足夠應納稅額可以真正用掉抵減利益。

延伸閱讀：公司做二套帳小心吃官司，會計師深入解析二套帳風險及轉型方法！

⭐ 生技公司設備、儀器與無形資產，不能全部當成研發費

📌 高額採購的正確帳務處理

生技公司常見高額採購包括：實驗儀器、分析設備、伺服器、冷凍設備、生產設備、GMP 相關設備、軟體授權與專利技術。

這些支出在會計上可能屬固定資產或無形資產，需要依耐用年限提列折舊或攤銷；稅務申報時，也必須依其性質與法令規定處理。

若為研究使用的設備，符合條件的折舊費可能屬研發支出範圍，但不代表購置設備的全部價款都能在購置年度直接列為研發費。

📌 生技醫藥公司的設備投資抵減

符合審定資格的生技醫藥公司，若投資於生產製造使用的全新機械、設備或系統，且達法定投資金額與計畫條件，也可能另有《生技醫藥產業發展條例》下的設備投資抵減選項。

這類優惠與研發投抵、產創投資抵減之間有合併上限與不得重複適用的規則，因此設備投資金額較大的公司，應在採購前先做年度租稅試算。

延伸閱讀：診所稅務完整指南：牙科與醫美自費醫療院所，記帳怎麼做？

⭐ 募資前投資人真正看的不是只有技術，而是財務可信度

📌 投資人 DD 最常問的問題

醫療生技公司在募資簡報中，通常最強的是技術、臨床價值、專利與市場規模；但進入投資人盡職調查後，最常卡關的卻是帳務，投資人最常問：

• 公司過去花了多少研發費？每個產品線燒掉多少資金？
• 現金還能撐幾個月？
• 補助款有無使用限制？
• 關係人交易是否合理？創辦人代墊與股東往來是否清楚？
• 專利到底在公司名下還是創辦人個人名下？
• 員工認股是否已反映在完全稀釋後股權比例？

延伸閱讀：不藏私！新創公司申請「 創業天使投資方案 」流程、注意事項都在這！

📌 募資前應備妥的查核資料清單

募資前最好先完成一套「可被查核的財務資料」，至少包括：

1. 近年財務報表、總帳與明細帳
2. 銀行對帳紀錄
3. 主要合約
4. 股東名冊與歷次增資文件
5. 政府補助資料
6. 研發專案明細
7. 專利與技術權利文件
8. 重大設備清冊
9. 員工獎酬與 ESOP 規劃
10. 未來 24 至 36 個月的財務預測

越早整理，投資人越容易相信管理團隊有能力把資金用在對的地方。

延伸閱讀：一募資就成功！企業常見的募資方式全在這，順利取得資金浥注！

📌 財務預測不能只做一條營收成長曲線

生技公司的財務預測應至少拆出研發里程碑、臨床試驗或查驗登記時程、人事擴編、設備投資、法規費用、量產準備與市場進入時間，並針對基本情境、延遲情境、資金不足情境作計畫。

因為生技產業最常見的風險不是產品完全沒有價值，而是下一個里程碑比預期晚六個月到一年，造成現金提前用完。

延伸閱讀：公司準備上市上櫃？IPO前準備 + 募資+ 釋股完整指南，財務制度要搞懂！

⭐ 募資與增資怎麼規劃？不要只談「募多少」，還要談「稀釋多少」

📌 每一輪募資都要同時處理三件事

醫療生技公司的募資通常會經歷創辦人資金、天使輪、種子輪、Pre-A、A 輪甚至策略投資人，每一輪都應同時處理：

1. 公司需要多少現金
2. 投資前／投資後估值是多少
3. 原股東與核心團隊將被稀釋到多少

若只看募資金額、不建立完整股權表，到了後面才發現創辦團隊持股過低、ESOP 不足或早期條件過度優惠，後續投資人反而會要求重新調整。

📌 增資的會計與法律處理重點

• 增資取得的資金，會因有面額或無面額股票而帳務處理不同
• 特別股、可轉換工具、員工認股權或技術入股，需進一步判斷其法律條件、權利義務與會計表達，並在章程上把相關權利義務表達清楚
• 投資人的投資協議書會影響後面的權益，由有經驗的律師及會計師協同運作，能減少後續爭議
• 生技公司常因技術入股比例較高，更應確認技術所有權、鑑價合理性、董事會與股東會程序，以及未來投資人是否接受

📌 鼓勵外部投資的租稅制度

《生技醫藥產業發展條例》本身也設有鼓勵外部投資的租稅制度：

• 符合條件的營利事業原始認股或應募生技醫藥公司股票並持有達法定期間者，可能享有股東投資抵減
• 符合條件的個人以現金投資未上市櫃生技醫藥公司，達一定投資額並持有一定期間，也可能享有個人所得減除優惠

對正在募資的公司來說，若資格符合，這些制度可以成為與投資人溝通的加分項，但仍應依個別投資人身分與持有條件逐案確認。

延伸閱讀：促參案投標懶人包：財務風險、法律風險交叉分析

⭐ 醫療生技公司從成立到募資，建議建立的 7 項財務制度

1. 研發專案編碼：每張發票、請款單與付款紀錄都能對應專案
2. 研發人員職務與工時紀錄：避免薪資無法證明與研發直接相關
3. 研發材料的採購、領用與庫存紀錄：尤其高價試劑與樣品要能勾稽
4. 固定資產與無形資產明細：清楚區分設備、軟體、專利、技術授權及其折舊攤銷
5. 政府補助獨立專案管理：收入、支出、核銷與自籌款分開
6. 月份別現金流報表：至少每月更新未來 12 至 18 個月資金狀況，並隨時掌握現金缺口會在哪一個月出現
7. 股權與募資模型：把未來每一次增資、估值、ESOP 與潛在稀釋都事先試算

這七項制度看似是會計工作，實際上會直接影響公司的投抵、補助、估值、募資速度與治理品質。

⭐ 專利作價入股與股本認列及稅賦的關係：取得股票可以緩課，出售股份才發生稅負

醫療生技產業以專利、配方、製程、臨床研究成果或其他技術換取公司股份十分常見。

例如研發團隊沒有投入大量現金，卻以自行持有的專利作價投入公司，取得新發行股份，這不只是股權設計，更關係到無形資產價值、實收資本額與股東所得稅。

📌 專利作價入股不等於當年度一定要繳所得稅

符合《生技醫藥產業發展條例》第 9 條的生技醫藥公司，其個人或其他符合規定的技術投資人因技術入股取得新發行股票，可依法選擇免予計入取得股票當年度應課稅所得額，之後股票實際轉讓或帳簿劃撥至開設的有價證券保管劃撥帳戶等法定時點，再依規定申報課稅。

也要注意兩點：

• 這是「緩課」而非永久免稅，也不是所有名稱帶有生技的公司自動適用
• 生技業初期若負責人要攬才而贈與股票給員工，贈與也算轉讓，應納入贈與人最低稅負

📌 未來出售股份，如何計算所得？

一般而言，選擇緩課者，於法定課稅時點，依全部轉讓價格、贈與或遺產分配時的時價、或撥轉日時價作為收益，依所得稅法及相關規定扣除可認列成本費用後計算所得。

個人技術投資人自取得股票日起持有股票，並繼續於公司任職或提供技術應用相關服務累計達二年，且符合申報與證明等條件者，當相關收益高於取得股票時價或價格時，可依第 9 條第 2 項，以取得股票時價或價格作為課稅收益。

📌 緩課規定比較與課稅試算

法規依據：《生技醫藥產業發展條例》第 9 條及《生技醫藥公司高階專業人員及技術投資人緩課股票認定作業辦法》。

1. 緩課所得稅規定比較表

項目	一般緩課	符合持股及任職滿 2 年優惠
適用對象	符合法定資格之高階專業人員	同左
取得股票時	選擇緩課，暫不課徵所得稅	同左
課稅時點	股票實際轉讓或依法應課稅時	同左
課稅所得計算	原則依股票轉讓時價或價格計算	以取得股票時價或價格與轉讓時價或價格孰低計算
持股條件	無須符合 2 年優惠條件	持有股票且繼續任職累計達 2 年
所得類別	依股票取得原因認定，獎酬股票原則屬薪資所得	同左
認定程序	公司須向經濟部申請緩課股票認定	除緩課認定外，另須辦理 2 年條件備查
股票增值部分	不適用 2 年孰低優惠	符合條件者，超過取得時價部分不計入該項緩課所得

2. 課稅金額試算範例

假設公司無償配發獎酬股票 10,000 股，取得時每股時價 100 元：

情境	出售價格（每股）	出售總價款	一般緩課課稅所得基礎	符合 2 年優惠課稅所得基礎
股價上漲	180 元	1,800,000 元	1,800,000 元	1,000,000 元
股價持平	100 元	1,000,000 元	1,000,000 元	1,000,000 元
股價下跌	60 元	600,000 元	600,000 元	600,000 元

📌 公司端的帳務處理重點

公司端同樣不能只記「借：專利；貸：股本」，應依序處理：

1. 確認專利的所有權、可轉讓性、權利期間、估價依據與經濟效益
2. 依適用財務報導準則判斷無形資產認列、後續攤銷及減損
3. 每股發行價格高於面額時，應區分股本與資本公積；無面額股另依公司法與章程規範處理
4. 專利移轉或授權的營業稅、契稅以外其他稅負或跨境扣繳，應按交易實質逐一判斷

📌 實務申請期限與應保存文件

依《生技醫藥公司高階專業人員及技術投資人緩課股票認定作業辦法》及申請指引，公司原則上應自設立登記或發行股票變更登記核准次日起四個月內提出認定申請；若股票定有限制轉讓期間，適用期限規定另須確認。

公司應保存的文件包括：

• 技術作價契約
• 專利權利文件
• 估價報告
• 董事會或股東會議事錄
• 持股及持續服務紀錄
• 技術投資人選擇緩課聲明

⭐ 研發支出在「會計」與「租稅優惠」的判斷差異

項目	財務會計	研發投資抵減	實務管理重點
研究階段支出	原則上發生時費用化	符合研發活動及法定支出範圍者，仍可能申請	研發計畫、工時、領料及成果紀錄要完整
發展階段支出	符合全部資本化條件時，可能認列無形資產	是否可投抵仍依租稅法規與審查結果	會計資本化與稅務投抵分開判斷
政府補助	依補助性質與會計政策處理	補助部分不得重複列入投抵基礎	補助專案與自籌款分開追蹤
研發軟體／資料庫	可能費用化或資本化後攤銷	部分制度需專案認定	採購前確認申請期限與證明文件
研發設備	通常列固定資產並折舊	符合規定者可能以折舊或特定設備優惠處理	建立資產台帳及用途證明

⭐ 結論：生技公司的會計不是後端記帳，而是研發與資本策略的一部分

醫療生技公司真正需要的，不只是把發票整理好，而是讓研發、會計、稅務、補助、募資與股權使用同一套資料邏輯。

當公司可以隨時回答：「每個研發專案花了多少、目前走到哪個里程碑、哪些支出可申請投抵、哪些由政府補助、現金還能撐多久、下一輪增資會稀釋多少」管理者才真正掌握公司的財務。

對準備申請研發投資抵減、進行天使輪或創投募資、規劃員工認股、接受投資人財務盡職調查，甚至未來規劃上市櫃的醫療生技企業，建議不要等到申報或募資截止前才整理資料。

從公司成立初期就由熟悉生技產業、租稅優惠與募資架構的會計師協助建立帳務與財務制度，往往能同時降低查稅風險、提升租稅優惠成功率，也讓投資人更容易看見企業真正的價值。

⭐ 醫療生技產業記帳專家：元方聯合會計師事務所，協助讓你安心過關！

元方聯合會計師事務所，成立超過 20 年，旗下有 25 位專業人士，累計服務超過 1,000 家以上的客戶。

服務客戶群包括營建業、電子業、食品業、製造業、服務業、公部門，其中醫療生技、牙科、醫美等診所或美業的經驗更是豐富。

所長黃秋凌會計師，取得高考會計師合格、證券分析師與各類保險專業證照。

曾經歷中華開發工業銀行營業部副科長、東森媒體科技董事長特助、安侯協和會計師事務所、神腦國際財務主管等職位，可以幫助你從 0 到 100 完善診所稅務與記帳的每一個細節。

黃秋凌會計師也透過 Youtuber 頻道：大老闆小常識，提供中小企業主實用的財稅知識與 Know-How。

開始你的 AI SEO 內容優化第一步
AI 時代品牌能見度健檢工具